当館の教育普及活動は、常設展示室や多目的スペースがないことや、展示室が広くない、少ない人員といった制約をふまえて内容を検討しています。「レンガ・タッチ＆トーク」や「ディスカバー！東京駅」など建物をテーマにしたプログラムは、展示室外の空間を活用し、東京駅の歴史について参加者が能動的に学ぶ内容とし、作品鑑賞だけではない美術館の愉しみ方を提案しています。「東京駅で建築講座」は展示替え期間を活用して、展示室にて建築に関する講座やワークショップを開催しています。いずれも特色ある空間と建築を活かした、東京駅の中の美術館ならではのプログラムとなっています。