開館翌年の１９９０年以降、８１回の特別展／企画展を開催（年３、４回）。日本の自動車前史、２０世紀の遺産　Ｔ型フォードなど国内外の歴史的な車をテーマにしたものや、自動車の描かれたポスターや錦絵、車に取り付けられたマスコットを取り上げるなど、様々なテーマで実施。２００６年より毎年、夏に子供向けの「はたらく自動車」を開催。週末に車両実演を開催することもあり、多くの家族に好評を得ている。４月１９日から始まった、裏展では普段見ることのできない博物館の裏側を紹介。収蔵車約５００台、収蔵品約３万点から新たに選抜し魅力を紹介。また、博物館を支えている裏方の活動にも焦点をあて、レストア活動を紹介している。