開館翌年の１９９０年以降、８０回を超える特別展／企画展を開催（年３、４回）。日本の自動車前史、２０世紀の遺産　Ｔ型フォードなど国内外の歴史的な車をテーマにしたものや、自動車の描かれたポスターや錦絵、車に取り付けられたマスコットを取り上げるなど、様々なテーマで実施。２００６年より毎年、夏に子供向けの「はたらく自動車」を開催。週末に車両実演を開催することもあり、多くの家族に好評を得ている。開館２５周年を機に掲げた「モノ語る博物館へ」を受け、普段見ることのできない博物館の裏側を紹介する「裏」展や、「語る」展‐ワクドキの隔世連鎖‐などを開催。